1921年3月12日，吉林督军兼吉林省省长鲍贵卿因眼疾辞职，由孙烈臣担任。孙烈臣是仅次于“东北王”张作霖的实权人物，他主持吉林军政大权后，认为长春地处东北三省中心，交通便利，提议将督军公署由吉林迁到长春。他的提议与张作霖笼络吉林人心的想法相同，张作霖于是批准实行。
1922年7月下旬，吉林督军署机关大部、陆军稽查处和卫队团陆续迁到长春，孙烈臣开始在长春办公。同年9月中旬，原在吉林的军务、军法、军需和军医第四课也迁到长春。吉林督军署的办公地点就在位于今天亚泰大街669号的吉长道尹公署。
吉林督军公署迁到长春后，省长公署仍留在吉林。其间，吉林省省长曾一度由魁升担任或由王树翰代理。但孙烈臣是独揽军政大权的人物，吉林省的重大事情必须由他拍板决定，因此长春成了实际上的吉林省“省会”，即吉林省政治中心。吉林督军公署迁到长春后办理过一件影响较大的案件。当时，吉林劣绅杨锡九提出“以吉林人治吉林”的口号，自制“吉林自治军总司令”图章，私自招兵买马，图谋称霸吉林，案件在代理省长王树翰的主持下破获。杨锡九被押送长春后，经吉林督军公署审理无误，于1923年7月7日被处决。
1924年4月25日，身兼多职的孙烈臣在沈阳去世。根据孙烈臣生前的建议，经张作霖批准，张作相任吉林督军，王树翰任吉林省省长。张作相任职后做的第一件事就是将督军公署迁回吉林。5月12日，督军公署搬迁完毕，张作相正式在吉林开始办公，一直到1931年九一八事变爆发。督军公署迁走后，将原房舍还给吉长道尹公署使用。
从1922年7月起到1924年5月止，吉林督军公署在长春共计22个月。人们熟知的从1954年起长春作为吉林省省会，已经是30年后的事了。
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